典型文献
基于SNP共表达网络肝癌分子分型及预后分析
文献摘要：
基于SNP突变数据与mRNA表达谱关联分析,构建一种肝癌分子分型方法并对比不同分型预后的差异,并对不同分型肝癌的发生发展机制进一步研究.首先通过TCGA数据库收集359例肝细胞癌患者的SNP突变数据和mRNA表达数据,采用Wilcoxon秩和检验,筛选突变后差异表达基因,并通过生物信息学工具String和Cytoscape构建差异表达基因的蛋白互作网络,筛选连接度最高的10个Hub基因.利用Consensus Cluster Plus软件包,基于Hub基因mRNA表达水平构建NMF分子分型模型,再结合生存数据评估各分型患者的预后.最后利用加权基因共表达网络分析(WGCNA),识别与肝癌分子分型相关的模块,并针对关键模块的基因进行通路富集,从而对不同分型肝癌的基因表达谱进行比较.结果:NMF模型将肝癌分为高危、低危2个分型,其中CDKN2A和FOXO1基因对分型贡献度高.生存分析显示低危组患者的生存情况显著优于高危组,高危组富集多个与肿瘤细胞侵蚀、转移、复发过程相关的信号通路,低危组则与细胞周期和胰液分泌相关.本研究在无先验性信息的前提下,基于突变后显著差异表达的Hub基因表达水平构建的肝癌分子分型对肝癌患者预后评估具有一定的指导意义,其中CDKN2A和FOXO1突变是肝癌患者的不良预后因素,针对二者的靶向药研发,可能为肝癌患者提供新的治疗策略.
文献关键词：
肝癌;分子分型;共表达网络;SNP
中图分类号：
作者姓名：
张思嘉;蔡挺;张顺
作者机构：
中国科学院大学 宁波华美医院医学实验部,浙江 宁波315100
文献出处：
引用格式：
[1]张思嘉;蔡挺;张顺-.基于SNP共表达网络肝癌分子分型及预后分析)[J].生物信息学,2022(04):247-256
A类：
B类：
SNP,分子分型,预后分析,变数,分型方法,不同分型,发展机制,TCGA,肝细胞癌,Wilcoxon,秩和检验,差异表达基因,生物信息学工具,String,Cytoscape,蛋白互作网络,连接度,Hub,Consensus,Cluster,Plus,软件包,NMF,数据评估,加权基因共表达网络分析,WGCNA,通路富集,基因表达谱,CDKN2A,FOXO1,贡献度,生存分析,生存情况,肿瘤细胞,细胞周期,胰液,先验性,基因表达水平,肝癌患者,预后评估,不良预后,预后因素,靶向药,治疗策略
AB值：
0.327469
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