典型文献
基于生物信息学方法筛选颈动脉粥样硬化进展的Hub基因及相关通路的研究
文献摘要：
?目的 ?利用生物信息学方法 分析筛选颈动脉粥样硬化进展的Hub基因及相关通路.方法 ?通过基因表达公共数据库(GEO)下载GSE43292和GSE28829这2个数据集.应用R语言软件合并两者的基因表达数据并进行标准化处理后,筛选出早期与晚期颈动脉粥样硬化斑块组织的差异基因.对差异基因进行基因本体论(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析.然后,利用STRING在线工具和Cytoscape软件构建并可视化差异基因的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,再通过CytoHubba中3种常用的分析方法 和Venn图法识别它们的共同Hub基因.结果 ?共筛选出576个差异基因,其中下调基因197个,上调基因379个.这些差异基因主要参与了中性粒细胞活化、中性粒细胞脱颗粒等GO生物过程.主要调控脂质和动脉粥样硬化、细胞因子-细胞因子受体相互作用等信号通路.最终在PPI网络中,共识别出3个Hub基因,分别是LYN、SYK和HCK.结论 ?LYN、SYK、HCK为颈动脉粥样硬化进展的关键基因,或可为该病的预后和治疗提供新的分子靶点.
文献关键词：
颈动脉疾病;计算生物学;基因表达谱;基因表达调控
中图分类号：
作者姓名：
徐佳慧;李洁华;陈洁霞;欧阳欢
作者机构：
安徽医科大学第一附属医院全科医学科,合肥230022;安徽医科大学第一附属医院普外科,合肥230022
文献出处：
引用格式：
[1]徐佳慧;李洁华;陈洁霞;欧阳欢-.基于生物信息学方法筛选颈动脉粥样硬化进展的Hub基因及相关通路的研究)[J].中国临床保健杂志,2022(05):656-661
A类：
GSE43292
B类：
生物信息学方法,相关通路,利用生物,公共数据库,GEO,下载,GSE28829,基因表达数据,标准化处理,颈动脉粥样硬化斑块,斑块组织,差异基因,基因本体论,功能注释,京都基因与基因组百科全书,信号通路富集,通路富集分析,STRING,Cytoscape,软件构建,蛋白质相互作用,PPI,CytoHubba,Venn,图法,细胞活化,细胞脱颗粒,生物过程,细胞因子受体,LYN,SYK,HCK,关键基因,分子靶点,颈动脉疾病,计算生物学,基因表达谱,基因表达调控
AB值：
0.29389
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