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2020年云南省曲靖地区手足口病患儿柯萨奇病毒A6型VP1区基因特征分析
文献摘要:
目的 对2020年云南省曲靖地区手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中的柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)VP1区基因特征进行分析.方法 (1)直接从HFMD病例粪便标本中提取人类肠道病毒(human enteroviruses,EVs)RNA,先用MD91/OL68-1引物对病毒VP4/VP2结合区基因进行逆转录-聚合酶链反应(Reverse-Transcription Polymerase Chian Reaction,RT-PCR)和测序,确定病毒型别,再用各型病毒的相关引物扩增VP1区全序并测序,按测序定型标准对EVs进行VP1区定型;(2)按文献下载基因库中CV-A6病毒VP1区基因参考序列,用MEGA 5.2软件构建系统进化树,进行基因特征和分子流行病学分析.结果 2020年共从曲靖地区HFMD病例500份标本中检测到49株EVs,EVs阳性率为9.80%(49/500).49株EVs 中,A 组病毒(enterovirus species A,EV-A)48份,占阳性总数的97.96%(48/49),B 组病毒(enterovirus species B,EV-B)1 份,占2.04%(1/49).A 组病毒共4个血清型,其中 CV-A4 3株,占6.12%(3/49);CV-A636株,占73.47%(36/49);CV-A105株,占 10.20%(5/49);CV-A164株,占8.16%(4/49).B 组病毒只检测到1株,一个血清型(CV-B4).用MEGA5.2软件对36株CV-A6病毒的VP1基因完整序列(915bp)和Yang Song、Mizuta K等发表的26株参考株序列共62株病毒作基因进化分析,曲靖地区36株均为D3a亚型.结论 2020年云南省曲靖地区HFMD流行以CV-A6(占73.47%)为主.基因进化分析表明,跟以往中国内地的情况一样,云南省曲靖地区2020年流行的CV-A6为D3a基因亚型,加强CV-A6病毒的实验室和分子流行病学监测是今后曲靖地区乃至云南省HFMD监测的重要工作.
文献关键词:
手足口病;病原体;柯萨奇病毒A6型;VP1基因;基因特征分析
中图分类号:
作者姓名:
昌思思;姜黎黎;罗春蕊;周晓芳;寸建萍;伏晓庆;田炳均
作者机构:
昆明市疾病预防控制中心,云南昆明 650228;云南省疾病预防控制中心,云南,昆明 650022
文献出处:
引用格式:
[1]昌思思;姜黎黎;罗春蕊;周晓芳;寸建萍;伏晓庆;田炳均-.2020年云南省曲靖地区手足口病患儿柯萨奇病毒A6型VP1区基因特征分析)[J].昆明医科大学学报,2022(05):44-49
A类:
enteroviruses,MD91,OL68,Chian,A636,A105,A164,915bp,Mizuta
B类:
曲靖地区,手足口病,柯萨奇病毒,VP1,基因特征分析,hand,foot,mouth,disease,HFMD,Coxsackievirus,CV,粪便标本,肠道病毒,human,EVs,先用,引物,VP4,VP2,逆转录,聚合酶链反应,Reverse,Transcription,Polymerase,Reaction,型别,各型,全序,下载,基因库,参考序列,软件构建,建系,系统进化树,分子流行病学,流行病学分析,species,血清型,A4,B4,MEGA5,Yang,Song,基因进化,进化分析,D3a,中国内地,基因亚型,学监,病原体
AB值:
0.27554
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