典型文献
基于生物信息学筛选影响Ⅲ期结肠癌患者预后相关基因
文献摘要：
目的 通过生物信息学方法探讨影响Ⅲ期结肠癌患者预后的相关基因,为后续实验室研究提供依据.方法 从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库中下载所有结肠癌患者转录组的mRNA测序数据,筛选出Ⅲ期结肠癌患者,通过差异表达分析获取癌组织与癌旁组织中的差异表达基因;通过GO功能和通路富集分析以获取差异基因的主要功能和通路;通过蛋白相互作用网络分析法(protein-protein inter-action,PPI)筛选出核心转录组基因;通过生存分析法探讨上述核心基因对生存预后的影响.结果 在TCGA数据库中,筛选出Ⅲ期结肠癌患者共126例,包含了126例癌组织和8例癌旁组织.比较癌组织和癌旁组织的基因表达,获得991个差异表达基因;富集分析提示差异表达基因在cAMP信号通路和神经活性配体-受体相互作用相关通路中功能较为活跃;PPI法共筛选出了20个核心差异基因,分别是NPY,CASR,NPY2R,PENK,CCL16,SST,HTR1D,CXCL5,CNR1,PYY,CXCR5,PPBP,INSL5,P2RY4,P2RY12,GALR1,GNG8,GNG13,CHRM2,TAS1R1;通过生存分析发现高表达CXCL5以及GNG13的患者预后较差.结论 CXCL5和GNG13基因高表达是影响Ⅲ期结肠癌患者预后的不良因素,其内在的分子机制有待后续进一步验证.
文献关键词：
结肠癌;生物信息学;基因;预后
中图分类号：
作者姓名：
陈国;田黎民;李晓平
作者机构：
广东省汕头潮南民生医院肿瘤综合外科,汕头 515154;湖北恩施土家族苗族自治州中心医院病理科,恩施 445000;广东省江门市中心医院胃肠外科,江门 529000
文献出处：
引用格式：
[1]陈国;田黎民;李晓平-.基于生物信息学筛选影响Ⅲ期结肠癌患者预后相关基因)[J].宁夏医科大学学报,2022(05):493-498,504
A类：
NPY2R,CCL16,HTR1D,INSL5,P2RY4,P2RY12,GALR1,GNG8,GNG13
B类：
结肠癌患者,预后相关基因,生物信息学方法,实验室研究,癌症基因组图谱,cancer,genome,atlas,TCGA,下载,转录组,序数,差异表达分析,癌组织,癌旁组织,差异表达基因,通路富集分析,差异基因,主要功能,蛋白相互作用网络分析,网络分析法,protein,inter,action,PPI,生存分析法,核心基因,生存预后,cAMP,相关通路,法共,CASR,PENK,SST,CXCL5,CNR1,PYY,CXCR5,PPBP,CHRM2,TAS1R1,不良因素
AB值：
0.294401
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