典型文献
Hemin诱导K562细胞分化前后PU.1全基因组结合位点探测
文献摘要：
目的 探讨K562细胞分化前后全基因组上的PU.1结合位点图谱及靶基因.方法 用hemin对K562细胞诱导分化72 h,诱导分化前后的细胞利用PU.1抗体进行染色质免疫共沉淀实验,并进行高通量测序,利用生物信息学分析K562细胞分化前后PU.1在基因组上的结合位点,并进行基因注释、基因功能分析、KEGG通路分析及靶基因预测.结果 发现K562细胞分化前PU.1结合位点有3107个,分化后的结合位点有1897个,共有的结合位点有843个.KEGG通路分析结果显示,分化后PU.1结合位点特有的信号通路有NF-κB信号通路,生长激素合成、分泌和运输通路,MAPK信号通路.K562细胞分化前后有1210个差异的PU.1结合位点,对应179个靶基因,其中分化相关的PU.1靶基因包括球蛋白基因、自噬相关基因、microRNA、非编码RNA以及转录因子.Motif分析结果显示,PU.1倾向于去结合ACTTCC特定序列.结论 PU.1的基因组结合位点在K562细胞分化前后发生了显著变化,此研究结果为进一步揭示PU.1在血细胞中的功能及作用机制提供了依据.
文献关键词：
K562细胞;分化;PU.1;染色质免疫共沉淀-高通量测序
中图分类号：
作者姓名：
张泽辉;季涛;李梦佳;何昌昊;张俊芳;韩兵社
作者机构：
上海海洋大学水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室, 水产科学国家级实验教学示范中心 上海市, 201306
文献出处：
引用格式：
[1]张泽辉;季涛;李梦佳;何昌昊;张俊芳;韩兵社-.Hemin诱导K562细胞分化前后PU.1全基因组结合位点探测)[J].医学分子生物学杂志,2022(01):10-19
A类：
ACTTCC
B类：
Hemin,K562,细胞分化,PU,全基因组,结合位点,点探测,hemin,细胞诱导,诱导分化,染色质免疫共沉淀,利用生物,生物信息学分析,基因注释,基因功能分析,通路分析,靶基因预测,生长激素,MAPK,自噬相关基因,microRNA,非编码,Motif,血细胞
AB值：
0.219765
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
