典型文献
基于生物信息学分析肝细胞癌潜在的关键基因及miRNA
文献摘要：
目的 利用生物信息学分析差异表达基因,结合临床生存分析,探讨肝细胞癌(HCC)中的关键基因、miRNA及免疫浸润.方法 通过GEO数据库获取5张芯片(GSE14520、GSE84598和GSE844023张基因芯片和GSE98269、GSE575552张miRNA数据芯片),筛选差异表达基因(DEGs)和差异miRNA(DEMs);Cytoscape3.7.1软件搭建DEGs的PPI网络并筛选关键基因;对关键基因进行GO功能分析、KEGG通路富集分析、表达水平验证和免疫组化分析、病理分期关系和患者生存分析;并评估关键基因在肝癌组织中的免疫浸润表达情况,预测miRNA并与miRNA芯片取交集.结果 筛选出164个DEGs,GO富集于细胞周期、视黄酸受体信号通路的调控等生物学过程,KEGG信号通路涉及卵母细胞减数分裂、p53信号通路等,10个关键基因在HCC组织中表达存在差异,并与肝癌总体生存期、无病生存期、临床分期和免疫浸润相关,经miRDB数据库预测得到132个miRNA.结论 CDK1、CCNB1、NDC80、TOP2A、KPNA2、BIRC5、AURKA、CYP3A4、TAT和ESR1可作为HCC的潜在生物学标记物,HCC的关键分子机制可能是p53信号通路,hsa-miR-224-5p、hsa-miR-144-3p、hsa-miR-148a-3p、hsa-miR-130a-3p及hsa-miR-22-3p是HCC关键的miRNA.
文献关键词：
肝细胞癌;关键基因;差异表达基因;生物信息学;差异miRNA
中图分类号：
作者姓名：
余春波;李大玉;范芳;李长福
作者机构：
遵义医科大学 生物化学教研室,贵州 遵义 563099
文献出处：
引用格式：
[1]余春波;李大玉;范芳;李长福-.基于生物信息学分析肝细胞癌潜在的关键基因及miRNA)[J].遵义医科大学学报,2022(01):37-45
A类：
GSE84598,GSE844023,GSE98269,GSE575552
B类：
生物信息学分析,肝细胞癌,关键基因,miRNA,利用生物,差异表达基因,结合临床,生存分析,HCC,免疫浸润,GEO,GSE14520,基因芯片,DEGs,DEMs,Cytoscape3,PPI,选关,功能分析,通路富集分析,免疫组化,病理分期,肝癌组织,交集,细胞周期,视黄酸,生物学过程,卵母细胞,减数分裂,p53,组织中表达,总体生存期,无病生存期,临床分期,miRDB,CDK1,CCNB1,NDC80,TOP2A,KPNA2,BIRC5,AURKA,CYP3A4,TAT,ESR1,生物学标记物,关键分,hsa,5p,3p,148a,130a
AB值：
0.372519
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