ZBED6基因作为一个重要的瘦肉型猪育种分子靶点已经在基因编辑育种工作中获得了一定效果,但基因编辑猪免疫机能是否存在缺陷尚需科学研究支持.该研究收集了ZBED6-SKO和WT猪脾脏组织并结合转录组测序技术,发掘差异表达基因,对差异表达基因进行生物信息学相关分析.结果表明:通过转录组测序获得了每个样本超过6 Gb的数据,数据比对显示比对率均高于90％,能够满足后续分析需要.以TPM为单位,获得表达具有显著差异的基因集(FDR＜0.05,FC＞2),发现在ZBED6-SKO组和 WT组之间仅存在9个差异表达基因,其中5个基因上调,4个基因下调,分别为IL4R、DCAKD、FAM91A1、ZNF140、ATP6V1D、ENDOV、ZNF333、PLOD2、R-SSC-211859.同时在 GO 聚类、KEGG聚类和KOG聚类当中均未获得显著富集的相关基因集.数据表明在进行基因编辑操作之后,ZBED6-SKO猪的脾脏免疫功能没有发生明显变化.该研究首次通过对ZBED6基因敲除猪脾脏组织进行基因表达水平的探究,发现在基因编辑操作后获得的动物体在脾脏免疫机能上与野生型不存在较高水平的差异,并未发现ZBED6基因敲除猪脾脏免疫缺陷相关证据,关于基因编辑猪免疫缺陷的背后机制仍有待进一步探明.

ZBED6;基因编辑猪;脾脏;转录组测序;差异表达基因

赵海东;陈平博;韦燕佩;邬明丽;易晓华;杜敏杰;魏泽辉;孙秀柱

西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌712100;成都中科奥格生物科技有限公司,四川成都610000

家畜生态学报

[1]赵海东;陈平博;韦燕佩;邬明丽;易晓华;杜敏杰;魏泽辉;孙秀柱-.ZBED6基因敲除猪脾脏转录组测序数据分析)[J].家畜生态学报,2022(06):17-24

ZBED6,SKO,IL4R,DCAKD,FAM91A1,ZNF140,ATP6V1D,ENDOV,ZNF333

基因敲除,序数,瘦肉型猪,分子靶点,基因编辑育种,育种工作,基因编辑猪,免疫机能,存在缺陷,尚需,研究支持,WT,转录组测序技术,差异表达基因,Gb,数据比对,TPM,FDR,FC,仅存,PLOD2,SSC,KOG,未获,脾脏免疫,基因表达水平,动物体,野生型,免疫缺陷

0.223717