典型文献
柳枝稷Hsp70家族基因鉴定与生物信息学分析
文献摘要：
热激蛋白70(Hsp70)是生物体内分布最广和研究最多的一类蛋白,在植物非生物胁迫响应中发挥着重要调控作用.柳枝稷(Panicum virgatum)是多年生暖季型能饲兼用草,且被视为生物能源模式植物.本研究利用隐马尔科夫模型文件PF00012鉴定到了柳枝稷41个Hsp70基因,分别将属于Dank亚家族的33个基因命名为PvHsp70-1～PvHsp70-33(包括4个分子伴侣BiP基因),将属于Hsp110/SSE亚家族的8个基因命名为PvHsp110-1～PvHsp110-8.41个Hsp70基因不均衡地分布在柳枝稷12条染色体上,在09K染色体上分布最多(11个),04K和04N染色体上分布最少(1个).应用系统进化树进化分析表明,41个基因可聚类为6个组,每组基因的结构、基序(数量、类型、顺序)相似.柳枝稷、水稻(Oryza sativa)和拟南芥(Arabidopsis thaliana)的91个直系同源Hsp70基因聚类分析显示,共聚为4类,分别定位于细胞质、内质网、线粒体和质体.此外,32个PvHsp70基因具有基因组共线性关系,存在一对串联复制基因PvHsp 110-4和PvHsp110-5.PvHsp70基因的启动子区主要是包含HSE等响应非生物胁迫相关作用元件和激素应答顺式作用元件.在柳枝稷不同组织的不同发育时期,PvHsp70s基因的表达水平也存在差异.镉胁迫下,有29个PvHsp 70基因上调表达.本研究结果为理清PvHsp 70基因在柳枝稷响应逆境胁迫中的功能奠定了基础.
文献关键词：
柳枝稷;生物能源;Hsp70;生物信息学;鉴定;表达分析;镉胁迫
中图分类号：
作者姓名：
宋刚;方志刚;王玉龙;蔡庆生;徐彬
作者机构：
江苏农林职业技术学院茶与食品科技学院,江苏句容212400;南京农业大学生命科学学院,江苏南京210095;喀什大学生命与地理科学学院,新疆喀什844099;南京农业大学草业学院,江苏南京210095
文献出处：
引用格式：
[1]宋刚;方志刚;王玉龙;蔡庆生;徐彬-.柳枝稷Hsp70家族基因鉴定与生物信息学分析)[J].草业科学,2022(10):2112-2126
A类：
PF00012,Dank,PvHsp70,Hsp110,PvHsp110,09K,04K,04N,PvHsp,PvHsp70s
B类：
柳枝稷,家族基因,基因鉴定,生物信息学分析,热激蛋白,生物体,体内分布,非生物胁迫,胁迫响应,Panicum,virgatum,多年生,暖季,兼用,生物能源,研究利用,隐马尔科夫模型,模型文件,亚家族,分子伴侣,BiP,SSE,应用系统,系统进化树,进化分析,基序,水稻,Oryza,sativa,拟南芥,Arabidopsis,thaliana,直系,共聚,细胞质,内质网,基因组共线性,复制基因,启动子区,HSE,激素应答,顺式作用元件,不同组织,不同发育时期,镉胁迫,逆境胁迫,表达分析
AB值：
0.282293
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
