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加权基因共表达网络筛选HIV-1转录过程中关键circRNA
文献摘要：
目的 筛选参与HIV-1转录过程中可能起关键生物学作用的环状RNA(circRNA).方法 采集HIV-1感染者和健康人的血液样本,分离外周血单个核细胞(PBMCs),采用PCR荧光探针法对PBMCs内HIV-1总DNA和RNA进行定量检测,同时对样本的基因表达谱进行检测.采用加权基因共表达网络法(WGCNA)构建含有circRNA和mRNA的共表达网络模块,对模块内的circRNA可能参与的生物学功能进行分析,并筛选可能起关键作用的cir-cRNA.结果 基于WGCNA共构建出17个功能性模块,筛选出与HIV-1转录相关性最强的darkred和darkturquoise模块.在darkred模块中筛选出2个circRNA:hsa_circ_0013704和hsa_circ_0059500,这两个circRNA可能通过与NAMPT、CMTM2蛋白相互作用发挥其蛋白海绵功能,从而解除它们对HIV-1 Tat蛋白的抑制作用,进而促进HIV-1的基因转录激活.结论 hsa circ_0013704和hsa_circ_0059500在HIV-1转录过程中可能具有重要作用,但其生物学机制有待进一步实验证实.
文献关键词：
1型艾滋病病毒;加权基因共表达网络;环状核糖核酸;转录激活
中图分类号：
作者姓名：
杜娟;林元龙;陈晓红;李锦;梁晗;张铮;王福祥;邵冰;宋波
作者机构：
吉林医药学院,吉林吉林132013;深圳市第三人民医院,广东深圳518112;哈尔滨医科大学附属第四医院,哈尔滨150001;长春市传染病医院,长春130123;吉林市传染病医院,吉林吉林132002;深圳市龙岗人民医院,广东深圳518100
文献出处：
引用格式：
[1]杜娟;林元龙;陈晓红;李锦;梁晗;张铮;王福祥;邵冰;宋波-.加权基因共表达网络筛选HIV-1转录过程中关键circRNA)[J].中国艾滋病性病,2022(08):888-894
A类：
darkred,darkturquoise,CMTM2
B类：
加权基因共表达网络,HIV,录过,circRNA,生物学作用,感染者,健康人,血液样本,外周血单个核细胞,PBMCs,荧光探针,探针法,定量检测,基因表达谱,网络法,WGCNA,生物学功能,录相,hsa,NAMPT,蛋白相互作用,作用发挥,白海,Tat,基因转录,转录激活,生物学机制,艾滋病病毒,环状核糖核酸
AB值：
0.268485
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