首站-论文投稿智能助手
典型文献
加权基因共表达网络筛选HIV-1转录过程中关键circRNA
文献摘要:
目的 筛选参与HIV-1转录过程中可能起关键生物学作用的环状RNA(circRNA).方法 采集HIV-1感染者和健康人的血液样本,分离外周血单个核细胞(PBMCs),采用PCR荧光探针法对PBMCs内HIV-1总DNA和RNA进行定量检测,同时对样本的基因表达谱进行检测.采用加权基因共表达网络法(WGCNA)构建含有circRNA和mRNA的共表达网络模块,对模块内的circRNA可能参与的生物学功能进行分析,并筛选可能起关键作用的cir-cRNA.结果 基于WGCNA共构建出17个功能性模块,筛选出与HIV-1转录相关性最强的darkred和darkturquoise模块.在darkred模块中筛选出2个circRNA:hsa_circ_0013704和hsa_circ_0059500,这两个circRNA可能通过与NAMPT、CMTM2蛋白相互作用发挥其蛋白海绵功能,从而解除它们对HIV-1 Tat蛋白的抑制作用,进而促进HIV-1的基因转录激活.结论 hsa circ_0013704和hsa_circ_0059500在HIV-1转录过程中可能具有重要作用,但其生物学机制有待进一步实验证实.
文献关键词:
1型艾滋病病毒;加权基因共表达网络;环状核糖核酸;转录激活
作者姓名:
杜娟;林元龙;陈晓红;李锦;梁晗;张铮;王福祥;邵冰;宋波
作者机构:
吉林医药学院,吉林吉林132013;深圳市第三人民医院,广东深圳518112;哈尔滨医科大学附属第四医院,哈尔滨150001;长春市传染病医院,长春130123;吉林市传染病医院,吉林吉林132002;深圳市龙岗人民医院,广东深圳518100
文献出处:
引用格式:
[1]杜娟;林元龙;陈晓红;李锦;梁晗;张铮;王福祥;邵冰;宋波-.加权基因共表达网络筛选HIV-1转录过程中关键circRNA)[J].中国艾滋病性病,2022(08):888-894
A类:
darkred,darkturquoise,CMTM2
B类:
加权基因共表达网络,HIV,录过,circRNA,生物学作用,感染者,健康人,血液样本,外周血单个核细胞,PBMCs,荧光探针,探针法,定量检测,基因表达谱,网络法,WGCNA,生物学功能,录相,hsa,NAMPT,蛋白相互作用,作用发挥,白海,Tat,基因转录,转录激活,生物学机制,艾滋病病毒,环状核糖核酸
AB值:
0.268485
相似文献
我国6个省19个城市男男性行为人群HIV-1 基因亚型及抗病毒治疗前耐药分析
张然;董婷丽;梁雯丽;操召兵;解祯;刘康迈;于飞;傅更锋;张玉琪;王国永;马瞧勤;吴韶彬;李艳;董薇;江震;徐杰;吴尊友;姚均;潘品良;邱茂锋-中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心参比实验室,北京 102206;中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心宣传教育与预防干预室,北京 102206;淡蓝(北京)传媒有限公司,北京 100020;江苏省疾病预防控制中心,南京 210009;河北省疾病预防控制中心,石家庄 050021;山东省疾病预防控制中心,济南 250014;浙江省疾病预防控制中心,杭州 310051;福建省疾病预防控制中心,福州 350012;广东省疾病预防控制中心,广州 511430
广西壮族自治区2020年新报告≥50岁男性HIV感染者的HIV-1基因亚型分布及其与首次CD4+T淋巴细胞的关联
李剑军;陈燕兰;葛宪民;岑平;蓝光华;阳世雄;梁淑家;唐凯玲;方宁烨;庞贤武;何芹;林兆森;郭伟贵;邓鑫晖;冯献湘;周丽芳;黄运轩;阳冬;莫靖林;钟坚;莫洪志;农爱丹;梁旭;覃熙茂;莫实德;曾梓;罗柳红;陈欢欢;朱秋映;朱金辉;陆华湘;孟琴;刘帅凤;李博-530028南宁,广西壮族自治区疾病预防控制中心艾滋病防制所;535099钦州,钦州市疾病预防控制中心艾滋病防制科;530023南宁,南宁市疾病预防控制中心性病艾滋病防制科;536000北海,北海市疾病预防控制中心性病艾滋病防制科;546100来宾,来宾市疾病预防控制中心艾滋病防制科;545007柳州,柳州市疾病预防控制中心艾滋病防制所;537100贵港,贵港市疾病预防控制中心艾滋病防制科;541001桂林,桂林市疾病预防控制中心性病艾滋病防制科;543002梧州,梧州市疾病预防控制中心艾滋病防制科;547000河池,河池市疾病预防控制中心艾滋病与皮肤性病防制科;532200崇左,崇左市疾病预防控制中心性病与艾滋病预防控制科;533000百色,百色市疾病预防控制中心艾滋病皮肤病与性病防制科;537000玉林,玉林市疾病预防控制中心艾滋病防治科;538021防城港,防城港市疾病预防控制中心滋病防治科;542899贺州,贺州市疾病预防控制中心艾滋病防治科
机标中图分类号,由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成,仅供学习研究参考。