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基于全基因组SNP构建甘蓝型油菜指纹图谱
文献摘要：
甘蓝型油菜是世界上重要的油料作物,可用作油料、饲料以及食品等,具有较高的经济价值.为了高效快速地鉴定并区分油菜品种,加强油菜品种管理,本试验利用505份油菜种质的重测序数据进行SNP鉴定,根据杂合率、位点缺失率以及多态性等指标对SNP集合进行筛选,得到了能够高效鉴定油菜种质的核心SNP位点组合,构建了DNA指纹图谱.该套核心位点组合包括897个位点,其MAF、PIC的平均值分别为0.41、0.474.使用该套SNP位点组合进行品种区分,每两个材料之间的差异位点数目90％为357～508.对核心SNP位点进行精简,最少用17个SNP标记可完全鉴定该套种质.本研究使用高质量的油菜重测序数据,筛选出了897个核心SNP位点,并利用该套核心SNP组合构建了油菜的特征指纹图谱,为油菜遗传多样性分析、品种鉴定以及种质管理提供数据参考.
文献关键词：
甘蓝型油菜;群体基因组重测序;SNP;DNA指纹图谱
中图分类号：
作者姓名：
王升博;黄一鸣;梁聪园;王静;杨庆勇
作者机构：
华中农业大学信息学院/农业生物信息湖北省重点实验室,湖北武汉,430070
文献出处：
引用格式：
[1]王升博;黄一鸣;梁聪园;王静;杨庆勇-.基于全基因组SNP构建甘蓝型油菜指纹图谱)[J].中国油料作物学报,2022(05):966-972
A类：
群体基因组重测序
B类：
全基因组,SNP,甘蓝型油菜,油料作物,高效快速,分油,油菜品种,品种管理,菜种,序数,杂合率,缺失率,多态性,个位,MAF,PIC,异位,精简,少用,套种,特征指纹图谱,遗传多样性分析,品种鉴定
AB值：
0.247739
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