典型文献
大麦种子萌发lncRNA-miRNA-mRNA差异表达分析及ceRNA调控网络构建
文献摘要：
为解析长链非编码RNA(lncRNA)、microRNA(miRNA)和mRNA如何在ceRNA互作模式下调控大麦种子萌发,揭示大麦(Hordeum vulgare L.)种子萌发转录水平分子调控机制,基于大麦种子萌发相关的RNA-Seq数据,共鉴定出6447个差异表达的mRNA,661个差异表达的lncRNA,310个差异表达的miRNA;对差异表达的mRNA和lncRNA进行加权基因共表达网络(WGCNA)分析,各鉴定到1个与大麦种子萌发高度相关的共表达模块.模块内相关基因涉及水分响应、胚发育等生物学过程,以及MAPK信号转导、植物激素信号转导等信号通路.通过对lncRNA/mRNA和miRNA进行靶基因预测,得到 168个miRNA-mRNA靶基因对以及310个miRNA-lncRNA靶基因对,进而构建了包含2个子网络的ceRNA调控网络,发现有16个miRNA、38个lncRNA以及18个mRNA可能具有ceRNA功能.最后,利用qRT-PCR验证了 2个关系对:HORVU0HrlG039470-miR2611-MSTRG.21252 以及 HORVU6HrlG031480-miR1858-MSTRG.23227.
文献关键词：
大麦(Hordeum pulgare L.);种子萌发;内源竞争性RNA调控网络;lncRNA;mRNA;miRNA
中图分类号：
作者姓名：
张文英;高浩然;潘锐;常浩雯;徐乐
作者机构：
长江大学作物抗逆技术研究中心,长江大学农学院,湖北荆州434025
文献出处：
引用格式：
[1]张文英;高浩然;潘锐;常浩雯;徐乐-.大麦种子萌发lncRNA-miRNA-mRNA差异表达分析及ceRNA调控网络构建)[J].长江大学学报（自科版）,2022(06):94-102
A类：
HORVU0HrlG039470,miR2611,HORVU6HrlG031480,miR1858,pulgare
B类：
大麦,麦种,种子萌发,lncRNA,miRNA,差异表达分析,ceRNA,调控网络,网络构建,长链非编码,microRNA,Hordeum,vulgare,转录水平,分子调控机制,Seq,加权基因共表达网络,WGCNA,胚发育,生物学过程,MAPK,信号转导,植物激素,激素信号,靶基因预测,子网络,qRT,MSTRG,竞争性
AB值：
0.258023
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