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嗜热菌ToPif1解旋酶与G四链体的互作活性位点预测及鉴定
文献摘要：
利用AlphaFold2人工智能程序在原子水平预测并验证嗜热菌T hemus oshimai Pif1(ToPif1)解旋酶参与特殊核酸二级结构G四链体(G4)解旋的关键活性位点.采用变温圆二色光谱测试及解旋实验确定ToPif1解旋酶的嗜热特性;利用AlphaFold2程序预测ToPif1与G4 DNA的互作氨基酸位点,并应用分子生物学工具将预测互作位点分别突变为丙氨酸;通过原核表达系统获得ToPif1的单点突变体蛋白,突变体蛋白经ATP水解实验验证后发现其基本活性不受损;通过荧光各向异性实验和荧光共振能量转移偶联快速停留技术对比ToPif1野生型和突变体对不同构型G4 DNA的结合活性及解旋活性差异,确认影响ToPif1结合和解旋G4的关键氨基酸位点.结果表明:ToPif1解旋酶在高温下仍可保持蛋白构象及解旋活力;预测结果显示ToPif1上存在8个与G4互作的潜在位点,且这些位点的单点突变均不会破坏ToPif1的ATP水解活力;在ToPif1结合G4CEB和G4Tel中发挥关键作用的氨基酸位点是R355,而显著影响ToPif1解旋G4活力的位点是R135和R355.研究结果明确了具有嗜热特性的ToPif1发挥结合、解旋G4 DNA活性的关键氨基酸位点,为理解嗜热菌Pif1解旋酶识别与解旋G4 DN A的机理提供了参考.
文献关键词：
解旋酶;活性位点;AlphaFold2结构预测;G四链体;Pif1家族
中图分类号：
作者姓名：
张玲玲;戴阳雪;奚绪光
作者机构：
西北农林科技大学生命科学学院,陕西杨凌 712100
文献出处：
引用格式：
[1]张玲玲;戴阳雪;奚绪光-.嗜热菌ToPif1解旋酶与G四链体的互作活性位点预测及鉴定)[J].陕西师范大学学报（自然科学版）,2022(05):99-107
A类：
ToPif1,hemus,oshimai,Pif1,G4CEB,G4Tel,R355,R135
B类：
嗜热菌,解旋酶,四链,作活,活性位点,点预测,AlphaFold2,智能程序,二级结构,变温,圆二色光谱,热特性,分子生物学,丙氨酸,原核表达,表达系统,单点,点突变,突变体,ATP,各向异性,荧光共振能量转移,偶联,技术对比,野生型,同构型,结合活性,关键氨基酸位点,蛋白构象,在位,结构预测
AB值：
0.188125
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